Il 7 Giugno 2003 è entrato in vigore il decreto legislativo di riforma del Consiglio Nazionale delle Ricerche (d. lgs. 4 giugno 2003 n.127, pubblicato sulla G.U.R.I. Serie Generale n.129 del 6 Giugno 2003), che (vd. art. 1)

"detta la disciplina organica di riordino del Consiglio nazionale delle ricerche (C.N.R.). e ne definisce le finalità, le attività, gli organi, i principi ed i criteri di organizzazione e funzionamento, al fine di promuovere e di collegare realtà operative di eccellenza, di evitare duplicazioni per i medesimi obiettivi, di assicurare il massimo livello di flessibilità, di autonomia e di efficienza, nonché una più agevole stipula di intese, accordi di programma e consorzi, determinando le condizioni organizzative per:

• a) ottimizzare l'allocazione delle risorse e determinare economie di risultato e di scopo;
  
• b) semplificare i meccanismi di programmazione e di gestione delle attività di ricerca ed amministrative;
  
• c) promuovere le attività e le collaborazioni di ricerca internazionali;
  
• d) promuovere la valorizzazione dell'attività di ricerca;
  
• e) potenziare l'integrazione con le reti della ricerca universitaria ed imprenditoriale;
  
• f) delineare un equilibrato rapporto tra funzioni di indirizzo programmatico e di valutazione e funzioni di pianificazione e di conduzione operativa delle attività di ricerca;
  
• g) valutare i risultati della ricerca
"

In base all'art. 23 del decreto legislativo di riforma sono confluiti nel CNR i seguenti enti di ricerca: